神秘的忍者軍團襲擊木之葉忍村！原來他們是「空之國」忍者—空忍，從前被木之葉消滅的國家。他們用上現代化兵器展開排山倒海的攻勢，令到木之葉瀕臨滅國危機。醫術高明的神農及其徙弟阿瑪爾到達木之葉，希望木之葉首領—綱手派出忍者小隊，前往阿瑪爾的故鄉拯救鄉民。原來空忍亦襲擊阿瑪爾的故鄉，尋找空忍的舊時總部遺址。

木之葉首領—綱手於是命令鹿丸和畑鹿驚等人反擊空忍，而渦卷鳴門和小櫻則跟隨神農回到阿瑪爾的故鄉，發現了空忍的總部遺址，可是神農卻被空忍殺死了。另一方面，背叛了木之葉的佐助受命於惡魔大蛇丸，也同時向阿瑪爾的故鄉進發。在遺址內，快將戰死的鳴門和佐助終於重聚了！佐助面對從前的鳴門和戰友們，到底是敵還是友？空忍襲擊目的到底是什麼？

忍者世界大戰，一觸即發。佐助和鳴門連場激戰，爆發牽絆故事！